蛋白质相互作用网络分析
蛋白质相互作用网络中信号流向方向预测；根据网络的拓扑性质，挖掘网络重要节点（如hub节点，crosstalk节点）；根据功能信息注释，进行网络模块化
绝对定量蛋白质组学（MRM）
利用MRM技术与同位素稀释相结合，通过对比已知浓度的标记标准品与待测样子目标离峰面积信息，从而推算分析物含量。具有灵敏度高、重现性好、准确度高和通量高等技术优势。
iTRAQ
在质谱图中，任何一种iTRAQ试剂标记的不同样本中的同一蛋白质表现为相同的质荷比。而在串联质谱中，信号离子表现为不同质荷比(114～117)的峰，因此，根据波峰的高度及面积，可以得到蛋白质的定量信息。
定量蛋白质组学——Label Free
非标记定量蛋白质组学（Label Free）是近年来比较常见的一种对样本中蛋白质进行大规模相对定量分析的分析方法。